液相色譜柱是一種高純度、大比表面積、高機械強度、較高的碳鏈覆蓋率的新一代球形硅膠填料。金屬不純物含量極低，減少了有些螯合物在硅膠基質柱上的絡合作用。固定相極性弱于流動相時的液相色譜法被稱為反相色譜法，固定相極性強于流動相時的液相色譜法被稱為正相色譜法。固定相被涂覆在載體表面，極易流失，為此科學家對流動相使用給出了合理的建議：流動相極性與固定液極性應具有較大差別，以減少固定液流失。
在選擇色譜柱之前，先多了解自己的樣品和雜質，他們的類型結構、極性、酸堿性、分子量大小等等：
1.如果樣品極性太強，或酸性太強；可以選擇CN，NH2或硅膠柱，HILIC（親水色譜），也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱（缺點是離子對試劑平衡時間長，對流動相pH要求比較精密，否則很難重復實驗，另外離子對試劑很難洗下來，基本上用了離子對的色譜柱就不能再用于其它實驗）。
2.若樣品是堿性的；可選擇高純硅膠柱（高純硅膠缺少金屬雜質，且硅膠端基封尾）或一些經過修飾的C18柱（如極性嵌入技術或堿去活技術等），他們都會減少堿性化合物的拖尾，一般會選擇中性或偏堿的條件下做，因為這樣可增加堿性樣品的保留。
